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AGT介导的氯乙基亚硝基脲耐药作用机理的密度泛函理论研究



尹方正,肖伟男,马昕艳,赵丽娇*,钟儒刚

(北京工业大学生命科学与生物工程学院环境与病毒肿瘤学北京市重点实验室,北京 100124)

摘要


    氯乙基亚硝基脲(CENUs)是一类重要的抗癌烷化剂,通过导致DNA互补鸟嘌呤-胞嘧啶之间的共价交联(GC交联)发挥抗肿瘤作用。然而,O6-烷基鸟嘌呤-DNA烷基转移酶(AGT)DNA烷化损伤的修复作用能够导致肿瘤细胞对CENUs产生耐药性。使用密度泛函理论(DFT)方法结合分子对接对AGT介导的CENUs耐药机制进行了研究。结果表明,AGT能够与CENUs导致GC交联的两个前体物——O6-ClEtGN1,O6-EtG结合形成复合物,然后通过氢迁移和烷基转移两步反应,对这两个前体物进行修复,从而阻断GC交联的形成。在AGT对两个前体物的修复过程中,N1,O6-EtG的修复在动力学和热力学上比O6-ClEtG的修复均具有优势,但O6-ClEtG更有利于与AGT形成复合物。阐明了AGT介导的CENUs耐药机制,这将为开发AGT抑制剂用于与CENUs联合用药以消除耐药性提供重要的理论依据。

引言

   氯乙基亚硝基脲(CENUs)是临床上重要的抗癌烷化剂,广泛应用于脑瘤、淋巴瘤和黑色素瘤等恶性肿瘤的治疗。CENUs主要通过引起肿瘤细胞DNA互补碱基对鸟嘌呤和胞嘧啶之间的横向交联而发挥抗癌作用[1-5],然而在临床应用中,CENUs表现出的耐药性严重限制了该类药物的进一步应用与开发。因此,阐明耐药机制成为了新型高效低毒CENUs类药物开发中的关键问题。研究表明,O6-烷基鸟嘌呤-DNA烷基转移酶(AGT)DNA损伤的修复作用是导致肿瘤细胞对CENUs产生耐药性的主要原因[6-9]。一系列研究证明,CENUsAGT低表达的肿瘤细胞的抑制率显著高于AGT高表达的肿瘤细胞;而且AGT高表达能够明显抑制CENUs导致的肿瘤细胞DNA股间交联水平,这表明阻断AGTDNA损伤的修复作用从而提高DNA交联率,可成为提高CENUs抗癌效果的重要途经之一[10-14]

有关AGT修复DNA损伤的研究表明,AGT蛋白可将鸟嘌呤O6位上的烷基转移到自身第145位半胱氨酸残基(Cys145)上,形成S-烷基半胱氨酸,从而使DNA分子中O6-烷基鸟嘌呤脱去烷基得以修复,AGT自身则不可逆的失活[15]AGT的这种修复作用对保护细胞免受烷化剂损害和防止细胞癌变具有重要作用,但同时也是导致CENUs等烷化剂类抗癌药物产生耐药性的主要原因。目前,AGTDNA结合的晶体结构已有明确报道,Daniles[16]首次报道了AGT的晶体结构(PDB编号1T38);在此基础上,一系列生物学实验证据表明AGT蛋白通过一个两步反应移除鸟嘌呤O6-位上的甲基:第一步是氢迁移,水分子将AGT活性中心Cys145巯基上的H原子迁移到第146位组氨酸(His146)上;第二步为甲基转移过程,第一步中形成的硫醇盐负离子对O6-甲基鸟嘌呤上的甲基进行亲核进攻,从而将甲基转移到Cys145上,使得鸟嘌呤得以修复[15-17]Georgieva[18]用密度泛函理论(DFT)方法研究了AGT修复O6-甲基鸟嘌呤(O6-MeG)的机理,结果表明氢质子通过Cys145-Water-His146-Glu172体系发生迁移,然后反应体系跨越甲基转移这一控速步骤。Shukla[19]也用DFT法研究了O6-MeG 的修复过程,研究结果也表明甲基转移的能垒高于氢迁移。Hou[20]进一步用量子力学和分子力学结合的法研究了O6-MeG 的修复机理,结果与Georgieva等的研究一致。

    在CENUs导致DNA 股间交联的过程中(如下图),生成了两种重要的O6-烷基鸟嘌呤位中间体——O6-氯乙基鸟嘌呤(O6-ClEtG)N1,O6-桥亚乙基鸟嘌呤(N1,O6-EtG)AGT可对其进行修复,前者可与AGT反应形成氯乙基AGT,后者可与AGT反应形成AGT-DNA交联[21,22]。目前,关于AGT修复CENUs导致DNA股间交联过程中生成的O6-烷基鸟嘌呤的作用机理尚未见报道。因此,本文对AGT修复O6-ClEtG N1,O6-EtG两种DNA交联前体物的反应机理进行了研究,比较二者修复的活性差异,找到修复过程中的关键步骤,并与交联形成的机理进行比较。




结论

    本文使用DFT方法对AGT修复CENUs导致的两种GC交联前体物——O6-ClEtGN1,O6-EtG的机理进行了研究,明确了修复反应中的控速步骤和优势途径;并使用分子对接方法获得了AGT与两种底物复合物的分子结构。结果表明,AGT修复O6-ClEtG的过程中第二步氯乙基转移为控速步骤,而修复N1,O6-EtG过程的控速步骤为第一步氢迁移反应。对比两种修复机理的势能图发现,AGT修复N1,O6-EtG需要跨越的能垒明显比修复O6-ClEtG的能垒低,而且前者生成修复产物的相对能量更低,这说明N1,O6-EtG的修复无论从动力学还是热力学上都有利于O6-ClEtG的修复。此外,O6-ClEtGN1,O6-EtG都能够进一步反应形成GC交联,通过比较它们各自形成交联和被AGT修复的反应机理,我们发现O6-ClEtG更易于向生成GC交联的方向反应;而N1,O6-EtG则既可以与胞嘧啶反应生成GC交联,也可以被AGT修复形成AGT-DNA交联。本研究揭示了AGT阻断CENUs导致DNA股间交联的作用机理,为AGT介导肿瘤细胞对CENUs产生耐药性提供了合理的阐释;同时,也为二级损伤产物——AGT-DNA交联物的形成提供了理论依据。目前已有大量关于AGT抑制剂降低CENUs耐药性的研究,但是,过度抑制AGT的活性又可能导致正常细胞中AGT表达水平的降低,从而增加抗癌药物的毒副作用。因此,开发高效低毒的AGT抑制剂对提高亚硝基脲类药物的抗癌疗效具有重要意义。




目录

 模型及计算方法

CENUs导致DNA互补碱基对鸟嘌呤和胞嘧啶交联(GC交联)的反应过程中可以形成O6-ClEtGN1,O6-EtG两种中间体,本文以这两种中间体为模型,研究AGT对二者的修复作用机制。为了简化量子化学计算模型,以发生修复反应的AGT蛋白活性中心组氨酸-半胱氨酸二肽(简称组胱二肽,缩写为HCDP)来代替整个AGT分子。

 结果与讨论

2.1  组胱二肽中的氢迁移反应机理

CPCM-M062X/6-31+G(d,p)水平上优化得到的氢迁移过程中的各分子结构如下图所示。在氢迁移过程中,Ow-H1键从反应物中的0.99 Å增长到过渡态TS1中的1.04Å,在中间体Int1中达到1.69 Å,这说明水分子发生了Ow-H1键断裂。与此同时,组氨酸N原子与H1之间由反应物中的1.77 Å缩短为过渡态TS1中的1.59 Å,在中间体Int 1中进一步缩短至1.04 Å,形成了新的H1-N键。半胱氨酸的H2原子逐渐接近Ow,同时伴随S-H2键的增长,H2-Ow距离由反应物中的4.71 Å缩短为过渡态TS1中的1.57 ÅS-H2键从反应物中的1.35 Å拉长至过渡态TS1中的1.46 Å;在Int1中,S-H2H2-Ow的键长分别为2.10 Å1.01 Å 。以上分子结构特征说明氢质子从半胱氨酸S原子上经过水分子迁移到了组氨酸N原子上。过渡态TS1具有唯一虚频-1158icm-1,振动模式为同时发生的S-H2键断裂、H2-Ow键生成、Ow-H1键断裂和H1-N键生成。


2.2 O6-ClEtG氯乙基转移反应机理

氢迁移反应生成的具有硫醇盐离子的中间体Int1能够与O6-ClEtG发生亲核取代反应,将鸟嘌呤O6位上的氯乙基转移到半胱氨酸上,生成ClEt-HCDP。优化得到的主要分子结构如下图所示。O6-ClEtG中氯乙基Cα原子在硫醇盐离子的进攻下逐渐发生C-O键断裂, O6-Cα键由反应物中的1.43 Å增长至过渡态TS2中的2.01 Å;与此同时,Cα-S键由过渡态TS2中的2.47 Å缩短至产物ClEt-GHCDP中的1.47 Å。过渡态TS2具有唯一虚频-529i cm-1,振动模式为O6-Cα键断裂同时伴随Cα-S键生成。经过此步反应,O6-ClEtG的氯乙基被移除,鸟嘌呤上的烷化损伤得以修复;同时Cys145与氯乙基共价链接,AGT自身失活。


2.3  N1,O6-EtG桥亚乙基转移反应机理

 HCDP修复N1,O6-EtG过程中的主要分子结构如下图所示。HCDP中巯基经过氢迁移后形成的硫醇盐离子进攻N1,O6-EtG中的Cα原子,Cα-O6键长由反应物中的1.46 Å拉长至过渡态TS3中的1.90 Å,当到达产物GEt-HCDPCαO6之间距离达到3.45 Å;同时,S-Cα距离由过渡态中的2.55 Å缩短为产物GEt-HCDP中的1.84 Å。过渡态TS3具有唯一虚频-445i cm-1处有,振动模式为Cα-O6键断裂同时伴随S-Cα键生成。


2.4  AGTO6-ClEtGN1,O6-EtG的相互作用

为了明确AGT蛋白O6-ClEtGN1,O6-EtG之间的相互作用,我们使用Gold软件对AGT与两个底物进行了分子对接,获得了分子体系的结构以及蛋白活性中心氨基酸残基与底物的相互作用方式。


3 结论


引用本文尹方正,肖伟男,马昕艳,等. AGT介导的氯乙基亚硝基脲耐药作用机理的密度泛函理论研究[J].化学试剂, 2020, 42(8):901-907.

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